La varietà ambientale e le peculiarità geografiche del territorio della Riserva hanno consentito lo sviluppo di specie floristiche interessanti per ricchezza e varietà.

La vegetazione ripariale, nei tratti meno incassati, è composta da Salici bianchi e purpurei, Pioppi e dalla sempre più sporadica Farnia.

Numerose le piante che fioriscono tra le gole che, fortunatamente, hanno conservato intatta la loro bella e preziosa flora rupicola. Esplorandole in primavera è come visitare un santuario eretto a lode di endemismi e specie rare che qui da sempre dimorano.

Tra le prime citiamo, oltre al rarissimo Fiordaliso del Sagittario, che vive solo lungo questa valle, la Viola di Eugenia, la Campanula di Cavolini, la Piverina tomentosa. Tra le specie rare ricordiamo l'Efedra dei Nebrodi, rinvenibile solo in poche stazioni in Abruzzo e la Dafne sericea, localizzata in Italia solo in poche isole e località costiere del Tirreno meridionale.